W 1910 w celu pozyskania miejsca pod budowę nowej plebanii wyburzony został kościół polski.
W 1945 stara fara została zniszczona, z kościoła pozostały jedynie ruiny.
Po II wojnie światowej działalność misyjną na tym terenie rozpoczęli również metodyści, którzy w 1945 zajęli Kościół Miejski oraz plebanię, a tym samym parafia ewangelicko-augsburska została pozbawiona własnej siedziby. W związku z powojennymi prześladowaniami ludności mazurskiej i protestanckiej nastąpiło znaczne zmniejszenie się liczby wiernych spowodowane wyjazdami oraz konwersjami na katolicyzm.
W 1946 opiekę nad wiernymi z Ostródy przejął ks. Edmund Friszke z parafii w Olsztynie. Pierwszy stały duchowny luterański dla miasta po zakończeniu wojny został mianowany w 1951. 12 października 1952 pierwszym powojennym proboszczem został ks. Tadeusz Bogucki. Pozwoliło to na przywrócenie sprawowania regularnych nabożeństw.