W 1920 część obszaru parafii, zamieszkaną przez około 3800 wiernych, przyłączono do Polski. Przy międzyborskiej parafii pozostało 10 miejscowości, posiadała ona kościół w Międzyborzu oraz filialną kaplicę w Bukowinie. Według danych z 1925 80% z 1362 mieszkańców miasta stanowiła ludność ewangelicka.
Przed wybuchem II wojny światowej do parafii należało 3705 wiernych. 10 grudnia 1939 miały miejsce uroczystości stulecia budowy miejscowego kościoła.
Ostatnim proboszczem niemieckiej parafii był ks. Hans Joachim König, w czasie II wojny światowej działający aktywnie w strukturach Kościoła Wyznającego.
W wyniku nadciągającego frontu, większość mieszkańców opuściła miasto w nocy z 19 na 20 stycznia 1945. Następnie część z nich powróciła. Opiekę duszpasterską nad zborem, z racji braku księdza, objął będący w podeszłym wieku kantor Karl Eisert. Prowadził ją do swojej śmierci w 1946. Następnie przez trzy tygodnie wiernymi zajmował się ks. Gottschick z Sycowa, jednak wraz z członkami zboru został on wysiedlony do Niemiec.
Budynek kościoła uniknął zniszczeń wojennych, poza nieznacznie uszkodzoną w 1945 wieżą. Jego wnętrze zostało jednak splądrowane przez ludność polską.