W 1597 w Kłodzku na miejsce zamieszkujących tutejszy klasztor augustianów sprowadzono zajmujących się zwalczaniem ewangelicyzmu jezuitów, jednak pomimo tego idee Reformacji utrzymały się.
Cesarz Rudolf II Habsburg w wyniku prowadzonych wcześniej walk zbrojnych z protestantami ogłosił w 1609 list majestatyczny, na mocy którego wprowadzona została wolność wyznaniowa. W efekcie na obszarze hrabstwa kłodzkiego funkcjonowało jedynie 11 kościołów rzymskokatolickich, natomiast w 1619 pozostał tylko jeden. W 1622 Kłodzko liczyło 200 ewangelickich mieszczan oraz 9 katolickich.
Wojna trzydziestoletnia i zanik ewangelicyzmu Po objęciu tronu przez Ferdynanda II Habsburga, będącego zagorzałym katolikiem, ewangelicy znaleźli się w trudnym położeniu w wyniku zapoczątkowanej przez niego intensywnej akcji rekatolicyzacyjnej. Trwała również wojna trzydziestoletnia, a mieszkańcy hrabstwa kłodzkiego angażowali się w nią, biorąc udział w Bitwie na Białej Górze w 1620, gdzie stanęli do walki po stronie czeskiej, ponosząc klęskę. Podczas bitwy zginęli najznamienitsi przedstawiciele kłodzkiej szlachty, jak również liczni członkowie tutejszego mieszczaństwa i chłopstwa. Ziemie te objęła następnie akcja rekatolicyzacyjna Ferdynanda II. W związku z nią doszło do wygnania z hrabstwa 120 ewangelickich duchownych i nauczycieli.