Marii Magdaleny, a kościołem wspólnoty stał się kościół św. Krzysztofa. Zbór przejął zachowane księgi chrztów, konfirmacji, ślubów, pogrzebów i ogłoszeń parafialnych z parafii św. Marii Magdaleny, a także jej zbiory biblioteczne. Zachował również liturgię Ewangelickiego Kościoła Unii Staropruskiej używaną na Śląsku, która była stosowana w dawnej parafii, jak również korzystanie ze śpiewników wydrukowanych początkiem XX wieku.
Prace przy rekonstrukcji budynku kościoła były kontynuowane w latach 1966–1970 oraz 1996–1999. Jego wyposażenie zostało przeniesione z innych kościołów ewangelickich.
Parafia św. Krzysztofa została oficjalnie utworzona decyzją Konsystorza z 1 lutego 1993 w wyniku przekształcenia wrocławskiego „zboru niepolskiego” w samodzielną parafię o charakterze niemieckim. Postanowienie to zostało potwierdzone przez wojewodę wrocławskiego, kiedy 26 lutego 1993 została jej nadana osobowość prawna. W skład parafii św. Krzysztofa we Wrocławiu weszły wszystkie „zbory niepolskie” prowadzące działalność na terenie Dolnego Śląska. W 1994 jej pierwszym proboszczem został ks. Ryszard Borski, pełniący do tej pory funkcję duszpasterza osób narodowości niemieckiej.