W związku z przekazaniem kościoła św. Marii Magdaleny na rzecz parafii polskokatolickiej, nabożeństwa parafii ewangelickiej św. Marii Magdaleny, prowadzącej posługi religijne dla pozostałych tu osób narodowości niemieckiej, odbywały się w zakrystii jej dawnego kościoła parafialnego. Natomiast kościół św. Krzysztofa odbudowywany był etapami. Prace prowadzono w latach 1947–1949 i 1957–1958. W 1958 został on otwarty do użytkowania (inauguracyjne nabożeństwo miało miejsce 27 kwietnia 1958) i przekazany na własność ewangelickiej parafii św. Marii Magdaleny, w skład której jako kościół filialny wchodził przed II wojną światową. Parafia ta została przekształcona w jeden ze „zborów niepolskich”, jednostek funkcjonujących w ramach Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w PRL, jednak niestanowiących jego integralnej części. Zbory te podlegały bezpośrednio Biskupowi Kościoła, który pośredniczył w kontaktach między nimi, a Urzędem do Spraw Wyznań, natomiast opieka duszpasterska Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego nad nimi ograniczała się do wysyłania jego księży do pracy w tych wspólnotach z uwagi na brak własnych duszpasterzy tych zborów, co spowodowane było ich wysiedleniem lub wyjazdami do Niemiec. Członkami wrocławskiego „zboru niepolskiego” zostali głównie byli członkowie parafii św.