Tytuł magistra teologii uzyskał w 1937.
W czasie II wojny światowej zaangażował się w tworzenie autokefalicznego Białoruskiego Kościoła Prawosławnego (brał udział w Wszechbiałoruskim Soborze Cerkiewnym) i przyjął w jego ramach chirotonię na biskupa słuckiego (w monasterze w Żyrowiczach 23 listopada 1941A. Mironowicz, Kościół prawosławny na ziemiach polskich w XIX i XX wieku, Białystok, Wydawnictwo Uniwersytetu w Białymstoku, 2001. , s.213), zaś w 1942 został biskupem mohylewskim i mścisławskim, następnie otrzymał godność arcybiskupaA. Mironowicz, Kościół prawosławny..., s.217. Zwolennik budowy Białoruskiego Kościoła Prawosławnego jako Kościoła o charakterze narodowym, w swoich działaniach cieszył się poparciem okupacyjnych władz niemieckich oraz współpracujących z nimi działaczy białoruskich. Dzięki ich wsparciu 1 czerwca 1942 arcybiskup Filoteusz został faktycznym zarządcą Białoruskiego Kościoła Prawosławnego – kierujący nim do tej pory metropolita Pantelejmon (Rożnowski), chociaż nie zrzekł się godności, oddał mu pełną kontrolę nad administraturą. Filoteusz odmówił jednak pełnej realizacji postulatów białoruskich działaczy narodowych – nie zgodził się m.in.