na usunięcie z parafii Kościoła duchownych narodowości rosyjskiej i zastąpienie ich Białorusinami, jak również na powołanie rady doradczej złożonej z duchownych i świeckichA. Mironowicz, Kościół prawosławny..., s.218. Stracił wówczas poparcie działaczy białoruskich, którzy zaczęli domagać się od władz niemieckich usunięcia go z urzęduA. Mironowicz, Kościół prawosławny..., s.219 i oskarżyli go o rusyfikację życia cerkiewnego na BiałorusiA. Mironowicz, Kościół prawosławny..., s.222. Na przełomie sierpnia i września 1942 zwołał Ogólnobiałoruski Sobór, który oficjalnie proklamował autokefalię Kościoła na Białorusi i zwrócił się do zwierzchników kanonicznych Cerkwi z prośbą o jej uznanie. Wiosną 1943 arcybiskup Filoteusz ponownie przekazał metropolicie Pantelejmonowi zarząd Kościoła BiałoruskiegoA. Mironowicz, Kościół prawosławny..., s.220.
W maju 1944 został rektorem seminarium duchownego w Mińsku, zaś w czerwcu tego samego roku wziął udział w II Ogólnobiałoruskim KongresieA. Mironowicz, Kościół prawosławny..., s.223. Natychmiast po jego zakończeniu udał się do Grodna, a następnie przez Warszawę i Sosnowiec ewakuował się do Niemiec.