Chirotonia biskupia archimandryty Nazariusza odbyła się 24 października 1893 w Ławrze św. Aleksandra Newskiego w Petersburgu, w charakterze głównego konsekratora wystąpił metropolita petersburski Palladiusz (Rajew-Pisariew). Już w listopadzie 1893 biskup Nazariusz został przeniesiony do eparchii petersburskiej jako jej wikariusz, z tytułem biskupa gdowskiego. 21 października 1897 objął zarząd eparchii ołonieckiej i pietrozawodzkiej, zaś w 1901 został biskupem niżnonowogrodzkim i arzamaskim. W okresie zarządzania eparchią niżnonowogrodzką wzniósł szereg nowych świątyń oraz zorganizował remonty kolejnych. W 1909 otrzymał godność arcybiskupa.
W 1909 duchowny udał się na miesięczny urlop, w czasie którego zwrócił się do Świątobliwego Synodu Rządzącego z prośbą o przeniesienie do innej eparchii. Prośbę tę uzasadniał złym wpływem klimatu Niżnego Nowogrodu na jego zdrowie. Sugerował przeniesienie swojej osoby do eparchii pskowskiej. Zamiast niej zaproponowano mu jednak katedrę ryską, jednak duchowny stwierdził, iż nie posiada cech niezbędnych dla skutecznego zarządzania eparchią, w której prawosławni Rosjanie pozostawali w mniejszości. W 1910 został zatem skierowany do eparchii połtawskiej i perejasławskiej. Zarządzał nią do 1913, gdy przeniesiono go do eparchii chersońskiej i odeskiej.