W sezonie 1992–1993 Milan prowadzony już przez Fabio Capello nie przegrał kolejnych pięćdziesięciu ośmiu meczów i pewnie zmierzał po mistrzostwo Włoch. W ligowym spotkaniu z Anconą Calcio van Basten doznał urazu kostki i zmuszony był pauzować przez kilka miesięcy. Wrócił pod koniec sezonu, ale kontuzja okazała się zbyt poważna, aby mógł kontynuować profesjonalną karierę. Po raz ostatni wystąpił w Milanie w finale Pucharu Mistrzów, przegranym z Olympique Marsylia. Miał wówczas 29 lat.
Po nieudanej walce z kontuzją, 17 sierpnia 1995 roku ogłosił zakończenie piłkarskiej kariery.
Sukcesy piłkarskie mistrzostwo Holandii 1982, 1983 i 1985, Puchar Holandii 1983 i 1986 i Puchar Zdobywców Pucharów 1987 z Ajaksem mistrzostwo Włoch 1988, 1992 i 1993, Puchar Mistrzów 1989 i 1990, finał Pucharu Mistrzów 1993, Superpuchar Europy 1990 i Puchar Interkontynentalny 1990 z AC Milan król strzelców Serie A w 1990 (19 goli) i 1992 roku (25 goli) zdobywca Złotej Piłki miesięcznika France Football dla najlepszego piłkarza grającego w Europie w 1988, 1989 i 1992 roku najlepszy piłkarz 1988 roku według magazynu World Soccer Piłkarz Roku 1992 w rankingu FIFA
W lidze holenderskiej rozegrał 133 mecze i strzelił 128 goli.
W lidze włoskiej rozegrał 147 meczów i strzelił 90 goli.