W reprezentacji Holandii od 1983 do 1992 roku rozegrał 58 meczów i strzelił 24 gole – mistrzostwo Europy 1988, start w Mundialu 1990 (1/8 finału) i Euro 1992 (III-IV miejsce).
Kariera szkoleniowa Mimo iż tuż po zakończeniu sportowej kariery van Basten twierdził, że na pewno nie zostanie trenerem, to w 2003 roku dał się namówić swojemu dawnemu koledze z reprezentacji Johnowi van ’t Schipowi na współpracę przy drugiej drużynie Ajaksu Amsterdam. Równocześnie trenował zespół juniorów.
W 2004 roku po zwolnieniu Dicka Advocaata niespodziewanie został selekcjonerem reprezentacji Holandii. Van Basten jest chyba pierwszym w ostatnim czasie trenerem kadry, który zdecydował się na tak radykalne jej odmłodzenie. Po Euro 2004 pożegnał się z dotychczasowymi filarami drużyny narodowej – Clarence’em Seedorfem, Edgarem Davidsem, Boudewijnem Zendenem, Patrickiem Kluivertem oraz Markiem Overmarsem, Jaapem Stamem i Frankiem de Boerem, którzy sami ogłosili zakończenie reprezentacyjnej kariery. Linia defensywna zbudowana była najczęściej z zawodników którzy debiutowali w czasie kadencji van Bastena – obok doświadczonego Giovanniego van Bronckhorsta grali w niej Jan Kromkamp, Khalid Boulahrouz, Joris Mathijsen, Ron Vlaar lub Barry Opdam.