Ich klęska ostatecznie przekreśliła szanse na odsiecz ze strony Rosji dla oblężonego Gdańska, tym więcej, że 22 maja Francuzi zdobyli Grodzisko.
thumb|200px|Wkroczenie wojsk francuskich do Gdańska po oblężeniu – obraz z XIX w. thumb|200px|Łuk Triumfalny w Paryżu z nazwą Dantzig/Gdańsk (upamiętniającą oblężenie) Kapitulacja Problemy z żywnością, masowe dezercje Polaków i wzrastający opór mieszkańców Gdańska pchnęły dowódcę twierdzy do poddania miasta. Rokowania kapitulacyjne trwały od 22 do 24 maja. Ze strony francuskiej prowadzili je szef sztabu Lefebvre’a generał Drouet i adiutant cesarza pułkownik Lacoste, którzy ściśle wykonywali instrukcje Napoleona. Cesarz osobiście zredagował 77. biuletyn Wielkiej Armii, zaczynając go słowami: „Gdańsk skapitulował. To piękne miasto jest w naszej mocy...”.
Garnizon miasta, bez broni i koni (zostawiono je tylko oficerom), ale ze sztandarami, opuścił Gdańsk 25 maja. Wkroczenie marszałka Lefebvre do miasta odbyło się ulicą Długą, 27 maja o godzinie 9 rano, zaś 1 czerwca odbył się uroczysty wjazd Napoleona. Na uroczystym obiedzie mianował głównodowodzącego oblężeniem marszałka księciem Gdańska. Ponadto obłożył miasto kontrybucją w wysokości 20 mln franków. Połowa miała zostać zapłacona w gotówce, połowa towarami i produktami.