Z tego powodu PRINCE2 oskarżany jest czasem o nadmierną biurokratyzację procesu zarządzania. PRINCE2 zwraca uwagę na potrzebę dobrej organizacji i regularną wymianę informacji pomiędzy interesariuszami, co może być odbierane jako zachęta do ciągłych bezproduktywnych spotkań zabierających czas niezbędny na rzeczywistą pracę. PRINCE2 nie definiuje wprost analizy wymagań. Jako metodyka wdrożeniowa może prowadzić do niepowodzenia projektu z uwagi na przyjęcie fałszywych założeń (z drugiej strony jasno jest określone, kto ponosi odpowiedzialność za przyjęcie złych założeń i akceptację nietrafnego uzasadnienia biznesowego, a przesłanki tych decyzji są udokumentowane i mogą stanowić nauczkę na przyszłość). Zbyt ścisłe przestrzeganie PRINCE2 bez odpowiedniej adaptacji do realiów biznesowych może być zbyt pracochłonne w zastosowaniu do małych projektów. Brak wsparcia podejścia zwinnego do zarządzania projektami, wyłącznie kaskadowe. Brak uwzględnienia wielu popularnych technik i metod zarządzania projektami, które wymieniają inne standardy, jak IPMA NCB i PMBOK Guide, np. metoda wartości wypracowanej, wiele technik kontroli i planowania jakości, metoda łańcucha krytycznego. Koncentracja na perspektywie firmy zamawiającej projekt w relacji z zewnętrznym dostawcą, co wynika z genezy PRINCE2.