Biskup Godlewski prowadził aktywną działalność w dziedzinie szkolnictwa; jako prezes Polskiej Macierzy Szkolnej na Wołyniu przyczynił się do powstania kilkuset szkół powszechnych, sześciu gimnazjów oraz wielu seminariów nauczycielskich. Przez pewien czas – w czasie wojny polsko-radzieckiej 1920 – był zmuszony do pracy w fabryce jako robotnik. Zrezygnował z funkcji biskupa pomocniczego w 1926 i skoncentrował się na działalności naukowej na Uniwersytecie Jagiellońskim; później, 14 stycznia 1949, otrzymał promocję do godności arcybiskupa tytularnego Amorianus.
Postanowieniem Prezydenta RP z 10 lutego 1928 został mianowany profesorem zwyczajnym historii kościoła powszechnego na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. W latach 1927–1951 kierował Katedrą Historii Kościoła Powszechnego. Wszedł w skład specjalnego poufnego komitetu ds. obrony autonomii uniwersytetu, powołanego przez Stanisława Estreichera w czasie reform ministra Janusza Jędrzejewicza (1933). Na Międzynarodowym Kongresie Historycznym w Warszawie w 1933 reprezentował Watykan. Miał opinię świetnego wykładowcy. W 1915 został członkiem rzeczywistym, a w 1929 członkiem zwyczajnym Towarzystwa Naukowego Warszawskiego;