Porażkom na arenie międzynarodowej towarzyszyły problemy wewnętrzne. W roku 1677 i 1678 panowała klęska głodu, a w latach 1683–1685 Hiszpania doświadczyła ostatniej wielkiej epidemii dżumy. Kraj nawiedzały również kryzysy ekonomiczne. Po śmierci de Austrii jego rolę przejął książę Medinaceli. W 1680 przeprowadził on reformę monetarną. Nie poprawiło to jednak sytuacji wewnętrznej. W 1687 Medinaceli stracił wpływy. Jego następcą został hrabia Oropesa. W 1688 wybuchło powstanie chłopskie w Katalonii, a w 1693 w Walencji.
Hiszpania za panowania Karola doszła do stanu skrajnej słabości. Amerykańskie złoto i srebro rujnowało gospodarkę. Kraj był w permanentnych kłopotach finansowych. Armia liczyła 20 000 żołnierzy a – niegdyś potężna – flota 20 okrętów. Hiszpania była praktycznie bezbronna i nie mogła o własnych siłach decydować o swojej przyszłości.