Puchar Ligi Polskiej Reaktywacja rozgrywek ligowego pucharu pod nazwą Pucharu Ligi Polskiej nastąpiła w sezonie 1999/2000 z inicjatywy Zbigniewa Bońka i Ryszarda Raczkowskiego. W celu nadania rozgrywkom wysokiej rangi ustalone zostały duże premie finansowe za przejście każdej rundy, a zwycięzca zarobił łącznie 1,3 mln złotych. W finale spotkały się dwie drużyny warszawskie - Polonia i Legia. Po emocjonującym meczu wygrały Czarne Koszule.
W sezonie 2000/2001 po raz pierwszy w Pucharze Ligi Polskiej wystartowały również zespoły drugoligowe. Dopuszczenie zespołów z niższej klasy okazało się dobrym pociągnięciem, gdyż drugoligowcy otrzymali szansę konfrontacji z teoretycznie silniejszymi przeciwnikami. W finałowym dwumeczu spotkały się jednak dwie drużyny z ekstraklasy - Wisła Kraków i Zagłębie Lubin, jednak już wynik pierwszego spotkania finałowego zdecydował, że Puchar powędrował do drużyny Mistrza Polski - Białej Gwiazdy.
Edycja z sezonu 2001/2002 odbyła się na takich samych zasadach jak poprzednia, czyli z udziałem klubów II ligi oraz meczem i rewanżem w finale, w którym spotkały się dwie najlepsze w tym czasie polskie drużyny: Legia Warszawa i Wisła Kraków. W finałowym dwumeczu lepsza okazała się drużyna stołeczna.