Była to ostatnia edycja Pucharu, gdyż PZPN zrezygnował z organizowania kolejnych turniejów.

Puchar Ekstraklasy.

Po 5-letniej przerwie, spowodowanej brakiem zainteresowania organizacją tych rozgrywek ze strony futbolowej centrali, ligowy puchar ponownie znalazł się w krajowym kalendarzu piłkarskim, dzięki staraniom Ekstraklasy S.A. Podmiot ten postawił sobie za cel nie tylko wskrzeszenie go, ale również nadanie mu odpowiedniego prestiżu. Toteż niezbędnym stało się zmienienie jego formuły i od sezonu 2006/2007 funkcjonował on pod nazwą Puchar Ekstraklasy. Podobnie jak w pierwszej edycji Pucharu Ligi Polskiej w inauguracyjnym sezonie wystąpiło w nim wyłącznie 16 klubów pierwszoligowych, podzielonych na cztery 4-zespołowe grupy. Do finału awansowały dwie czołowe wówczas rodzime drużyny, które dwa tygodnie wcześniej zapewniły sobie start w europucharach. Mimo starań organizatora rozgrywki nie cieszyły się uznaniem zarówno samych klubów, jak i kibiców. W latach 2006–2009 rozegrano trzy edycje tych rozgrywek, po czym zaprzestano organizowania kolejnych.