Polityka wewnętrzna Chrystian III opierał się na doradcach niemieckich z ojczystego Holsztynu, co wywołało ostry sprzeciw ze strony możnych duńskich. Podczas jednego z sejmów przeforsowali oni uchwałę mówiącą, że tylko Duńczycy mogą zajmować najwyższe urzędy państwowe. Pod koniec lat trzydziestych król, w obawie przed współdziałaniem opozycji z jego przeciwnikiem, cesarzem Karolem V Habsburgiem, Chrystian wprowadził Duńczyków do swojego ścisłego otoczenia. Z czasem zyskał sobie zaufanie duńskich elit na tyle, że w 1542 roku Herredag (rada panów, czyli zjazd stanu szlacheckiego) wyraził zgodę na wprowadzenie wysokiego podatku na pokrycie królewskich długów w Niemczech: przeznaczono na aż 1/20 z każdego szlacheckiego majątku. Likwidacja zewnętrznych zobowiązań króla działała na rzecz suwerenności państwa.
W 1537 pod naciskiem szlachty duńskiej i w reakcji na zbrojny opór Norwegów przeciwko reżimowi wyznaniowemu, Chrystian podporządkował Norwegię duńskim instytucjom państwowym, czyniąc ją faktyczną prowincją Danii. Norweska rada państwa (Riksrådet) uległa likwidacji, a zdominowana przez Duńczyków administracja narzucała język duński jako urzędowy.