Chrystian III rozbudował flotę duńską i uporządkował sieć królewskiej administracji, rozwinął też system kontroli nad majątkami i lennami królewskimi.
Polityka zagraniczna W 1538 roku Chrystian, który jako władca Szlezwika i Holsztynu miał status księcia Świętego Cesarstwa Rzymskiego, przystąpił do Związku Szmalkaldzkiego, ligi protestanckich książąt niemieckich sprzymierzonych w walce przeciw kontrreformacyjnej polityce cesarza i króla Hiszpanii Karola V Habsburga. W 1541 roku zawarł przymierze z królem Francji Franciszkiem I, głównym wrogiem cesarza, który przygotowywał się właśnie do nowej wojny z Habsburgami. W tym samym roku podpisał z królem Szwecji, Gustawem Wazą traktat w Brösembro. Władcy postanowili w nim pomagać sobie w razie buntów poddanych lub obcego ataku, rozwiązywać wzajemne spory pokojowo i ustanowić swobodny handel poddanych obu monarchów na terenie całej Skandynawii. W 1544 roku, po zakończeniu wojny francusko-habsburskiej także podpisał Chrystian podpisał pokój z Karolem V w Spirze, na mocy którego zezwolił statkom z należących do Hiszpanii Niderlandów na żeglugę przez cieśninę Sund. W konsekwencji tego układu, kupcy holenderscy dość szybko zdominowali handel bałtycki, w którym wcześniej czołowe miejsce zajmowała niemiecka Hanza.