W dzieciństwie Włodzimierz Ptak uczył się gry na skrzypcach. Uczęszczał początkowo do Bydgoskiego Konserwatorium Muzycznego. W Krakowie, w czasie okupacji hitlerowskiej, był uczniem koncertmistrza Filharmonii Krakowskiej Stanisława Syrewicza. Od dzieciństwa interesował się biologią i astronomią. Czytał wiele książek popularnonaukowych o tematyce przyrodniczej. Jak mówił, szczególne zainteresowanie wzbudziła w nim Historia naturalna jednego pierwotniaka Jana Dembowskiego. Miał w domu zbiór pierwotniaków, a obok tego: psa, kota, kanarka, rybki i białą mysz. Wraz z przyjacielem skonstruowali ze szkieł zakupionych w lokalnym sklepie optycznym prosty teleskop, którego używali do obserwacji nocnego nieba. Miał też mikroskop.
thumb|right|160px|Pod koniec studiów zainteresowania Włodzimierza Ptaka zaczęły skupiać się wokół mikrobiologii i bakteriologii. Wkrótce po uzyskaniu dyplomu został wcielony do wojska, gdzie spędził pięć lat. Lata 50. XX wieku