Działalność w Powstaniu Styczniowym W 1863 roku przeszedł do szeregów powstańczych i służył w oddziale Jakuba Jasińskiego. 3 czerwca 1863, jako dowódca kosynierów, pod naczelnikiem Broniewskim, stoczył bitwę pod Nagoszewem. 12 sierpnia 1863, jako dowódca batalionu stoczył bitwę pod Magnuszewem, w której został ranny w lewą stopę. W bitwie tej poległ bohaterską śmiercią „rozniesiony formalnie na kozackich pikach” jego brat mjr. Adolf Zduńczyk, jeden z najstarszych i najdzielniejszych oficerów Jasińskiego. Po bitwie Józef Zduńczyk otrzymał rozkaz od Rządu Narodowego do zorganizowania rozbitego pod Magnuszewem oddziału, którego późniejsze dowództwo objął kpt. rosyjski Walenty Lasocki (alias Dubois), a on sam został szefem sztabu. 12 listopada 1863 stoczył bitwę pod Porębą, w której objął dowództwo oddziału po Lasockim. W bitwie ranny został lekarz oddziału chorąży Chłopicki. Następnie objął po Aleksandrze Grzymale dowództwo nad 100-osobowym oddziałem konnym w łomżyńskim, gdzie stoczył udaną potyczkę pod Zambrowem z sotnią Kozaków. W marcu 1864 otrzymał nominację od Rządu Narodowego na pułkownika i namiestnika wojennego trzech wschodnich powiatów woj. płockiego.