Na jego następcę wybrany został dotychczasowy arcybiskup ruiski Józef.
16 marca 1757 Świątobliwy Synod Rządzący Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego uznał zarzuty postawione Antoniemu za bezpodstawne i pozwolił mu wejść w skład episkopatu Cerkwi rosyjskiej. 23 listopada 1757 został wyznaczony na biskupa włodzimierskiego i jaropolskiego. Nauczył się języka rosyjskiego i cerkiewnosłowiańskiego.
Po śmierci Tejmuraza II i zjednoczeniu Kartlii i Kachetii pod berłem Herakliusza II nowy władca zaprosił Antoniego ponownie do Gruzji. W 1764 Sobór Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego przywrócił mu godność Katolikosa-Patriarchy Gruzji. Duchowny czynnie włączył się w życie kulturalne i społeczne kraju, sam prowadząc działalność literacką, wspierając rozwój edukacji i druku. W 1772 uczestniczył w negocjacjach gruzińsko-rosyjskich zakończonych ostatecznie podpisaniem traktatu gieorgijewskiego. W związku z objęciem Gruzji protektoratem rosyjskim Katolikos-Patriarcha Gruzji wszedł w skład Świątobliwego Synodu Rządzącego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.