Po sezonie Nesterenko został poproszony o opuszczenie Lipawy.
W 1996 roku Nesterenko powrócił do RAFNews.lv: Viktors Ņesterenko: "Komanda jau veidojas" 12.04.1996 , który przeniósł się z Jelgavy do Rygi. Sezon w Virsliga nie był szczególnie udany, ale Nesterenko i jego klub zdobył swoje pierwsze trofeum w niepodległej Łotwie - RAF zdobył Puchar Łotwy pokonując Skonto Ryga w doliczonym czasie emocjonującego meczu. Przed sezonem 1997, klub zmienił nazwę na Universitāte Ryga, ale zmiana nie pomogła - zajął szóste miejsce w lidze łotewskiej, i po sezonie klub postanowił rozstać się z Nesterenko. W 1997 Nesterenko był jednym z kandydatów na stanowisko głównego trenera w nowo powstałym FK Ventspils, ale Siarhiej Barouski z Białorusi został wybrany na szkoleniowca klubu.
Po krótkim okresie pracy w charakterze konsultanta w Ranto/Miks, Nesterenko podpisał na sezon 1998 kontrakt z Dinaburg Dyneburg, brązowego medalistą i finalistą Pucharu Łotwy w 1997 rokuNews.lv: Viktors Ņesterenko - uz Daugavpili 08.01.1998 Rīgas Balss . Jego pierwszy sezon był mniej udany - klub zajął czwarte miejsce w lidze i odpadł w ćwierćfinale Pucharu.