W środku sezonu Nesterenko został zastąpiony przez Romana HryhorczukaГригорчук после семилетней работы в "Динабурге" перешел в "Вентспилс" / Футбол / Football / Sport.Ru , którego trenerem był Nesterenko w Prykarpattia Iwano-Frankiwsk.
Kolejnym etapem w karierze Nesterenko był FK Ryga, w którym najpierw pomagał trenerom Jānis Gilis, a później Georgijs Gusarenko. W 2001 r. został mianowany na stanowisko głównego trenera. Jego praca w FK Ryga nie przyniosła dobrych wyników - klub zajmował miejsca w połowie tabeli, dlatego Nesterenko musiał opuścić klub po sezonie 2003Nākamsezon FK 'Rīga' vairs netrenēs Ņesterenko - DELFI .
W 2004 r. podjął pracę w białoruskim Dynama BrześćNews.lv: No «Rīgas» padzītais Ņesterenko paliek Brestā 12.01.2004 , ale szybko został zwolniony. Następnym klubem był FK Venta, który zbankrutował w 2005 roku. Nesterenko rozpoczynał jako skaut, ale kiedy w klubie nastąpiło pogorszenie sytuacji finansowej objął stanowisko głównego trenera.
W latach 2006–2007 pracował jako skaut II dywizji Rosji, a od 2008 do 2012 był zatrudniony na różnych stanowiskach w pietrozawodskim klubie Karielija Pietrozawodsk, który potem zmienił nazwę na Karielija-Diskawieri Pietrozawodsk.