Z powodu głoszonych poglądów moskalofilskich oraz kontaktów z władzami carskimi został uznany przez władze austriackie za osobę niepewną. Za sprawą namiestnika Galicji Agenora Gołuchowskiego zawieszono go w prawach profesora uniwersytetu. Przyczyniło się to do podjęcia przez niego decyzji o wyjeździe do Rosji; w 1868 osiadł w Wilnie, przyjął prawosławie i stanął na czele komisji archeologicznej mającej dowieść odwiecznej rosyjskości ziem litewskich. Do końca życia był aktywnym popularyzatorem wiedzy o Rusi Czerwonej i badaczem jej kultury.
Życiorys Pochodzenie i młodość Pochodził z polskiego rodu szlacheckiego Głowackich herbu Prus o tradycjach rycerskich. Rodzina kultywowała również tradycję kozacką, przekazując z pokolenia na pokolenie legendę o walce jednego z Głowackich w stopniu pułkownika pod rozkazami Chmielnickiego. Hołowaccy byli grekokatolikami, z rodziny wywodziło się wielu duchownych. Kapłanem był też ojciec przyszłego działacza, Teodor (ukr. Федор).