W październiku 2001 powróciła do aktywności medialnych udziałem na gali rozdania nagród od magazynu „Q”, na której odebrała statuetkę dla autora klasycznych piosenek, a tydzień wcześniej udzieliła redakcji czasopisma pierwszego wywiadu od 1994. W 2002 zaśpiewała z Davida Gilmoura utwór „Comfortably Numb” z repertaru zespołu Pink Floyd podczas Royal Festival Hall w Londynie. W tym samym roku zaczęła intensywniej pracować nad materiałem na nową płytę, którą nagrywała swoim domowym studiu w Berkshire. 7 października 2005 wydała album pt. Aerial, który składał się z dwóch płyt: A Sea of Honey i A Sky of Honey. Za album zebrała przychylne recenzje krytyków i zadebiutowała z nim na trzecim miejscu na brytyjskiej liście sprzedaży. Płytę promowała singlem „King of the Mountain”, z którym dotarła do czwartego miejsca na liście przebojów.
16 maja 2011 nakładem własnej wytwórni Fish People wydała album pt. Director's Cut, na którym umieściła nowe wersje wybranych piosenek z albumów The Sensual World i The Red Shoes.