W 1944 Roncalli pracował w Turcji. Gdy Niemcy zatrzymali pociąg wypełniony Żydami, szukającymi okazji, by zbiec do Ziemi Świętej, biskup wykorzystał znajomość z ambasadorem III Rzeszy. Od tego momentu datowała się jego znajomość z Sarą i Gadem Levimi, których spotkał po wojnie w Rzymie. Roncalli przyczynił się do uratowania setek Żydów. W 1945 Pius XII wysłał Roncallego jako dyplomatę do Paryża, gdzie miał zapobiec wygnaniu grupy trzydziestu biskupów przeciwnych polityce De Gaulle’a. W wyniku działań bpa Roncallego wydaleni zostali tylko trzej. Pierwsza część filmu kończy się scenami z konklawe, podczas którego 28 października 1958 wybrano papieża Jana XXIII.
Druga część Nowy papież zostaje nazwany „przejściowym”. Jan XXIII nie zraża się tym i podejmuje reformę urzędów watykańskich. Nie oszczędza struktur finansowych Państwa Watykańskiego. Papież spotyka się z mediatorem pracującym nad polepszeniem stosunków między Stanami Zjednoczonymi i Związkiem Radzieckim. Zostaje poinformowany, iż Sowieci wznoszą Mur Berliński. W filmie przedstawione zostało zainteresowanie papieża osobą ukraińskiego biskupa greckokatolickiego, którego Rosjanie uwięzili w gułagu na Syberii.