W sierpniu tego roku został mianowany na Pierwszego Kapitana polskiej floty.
Mateusz Scharping reprezentował kaprów wobec władz polskich, zyskując swą znajomością spraw morskich królewskie zaufanie. Występował też wobec Gdańska, który zdecydowanie zwalczał kaprów, bowiem poszkodowani przez nich obcy kupcy protestowali i skarżyli się swoim władcom, ci zaś stosowali represje wobec statków gdańskich.
Na początku swej działalności Scharping miał pod swoją komendą 10 okrętów, podczas gdy obszar, jaki miała kontrolować polska flota, rozciągał się praktycznie do Zatoki Fińskiej. Do 1566 roku, dzięki sukcesom militarnym Scharpinga, któremu podczas swojej służby udawało się pojmać wiele wrogich okrętów, polska flota szybko wzbogaciła się o nowe jednostki, wynosząc blisko 30 okrętów.
Scharping był szczególnie aktywny w latach 1567-1568, kiedy to stoczył szereg potyczek z okrętami floty szwedzkiej. W czerwcu 1568 roku polska flota została rozbita przez siły szwedzkie w bitwie pod Tallinnem i tylko nielicznym okrętom udało się wrócić do Gdańska. Tam doszło do stracenia kilku marynarzy na podstawie fałszywych oskarżeń wysuniętych przez władze miasta, a okręty zostały zmuszone do opuszczenia portu.