W chwili, gdy ks. Pelczar dołączył do grona kadry naukowej Uniwersytetu Jagiellońskiego uczelnia ta zdołała już przełamać – trwający ponad 200 lat – kryzys. Od 1870 r. - kiedy to proces germanizacji placówki został zahamowany, a język polski zaprowadzono w miejsce niemieckiego - krakowski uniwersytet dorównywał swym poziomem słynnym uczelniom świata. Jedynie Wydział Teologiczny nie nadążał za postępem innych fakultetów, wywołując wewnątrzakademickie konflikty. Przed rokiem 1870 zredukowany do tylko czterech katedr (jedna obejmowała historie Kościoła i po 1870r. dołączono do niej prawo kanoniczne, które dotąd funkcjonowało tylko jako lektorat) i nie posiadający wśród swych profesorów ludzi o nazwiskach głośniejszych w nauce, Wydział cierpiał na brak studentów, a do tego w 1847 r. utracił nawet prawo nadawania stopni akademickich – w końcu lat 70. XIX stulecia mając tylko 2 profesorów i zaledwie 20 studentów, głównie zakonników, nie mogąc nadawać stopnia doktora ani brać udziału w wyborze rektora uczelni. Dopiero przywrócenie mu w 1880 r. odebranych wcześniej praw, dokonane w związku z przywróceniem diecezji krakowskiej, zapoczątkowało jego odrodzenie, do którego ks. prof. Pelczar walnie się przyczynił.