Do kompetencji komisji należało sądownictwo wojskowe. Zajmować miała się też gospodarką wojenną.
Sekretariat komisji prowadził korespondencję, tworzył wykazy poszczególnych jednostek wojska, list starszeństwa oficerów, redagował rozkazy i zarządzenia. W marcu 1790 utworzono Komisariat Wojskowy. Składał się on z sześciu osób pod kierownictwem płk. Jana Augusta Cichockiego. Realizował funkcje kwatermistrzowskie. Odpowiadał za zaopatrzenie, uzbrojenie i wyposażenie wojska.
Organizacja wojska Mobilizacja
Powodem zmniejszenia etatu wojska były także trudności werbunkowe. Utrzymano przestarzały system uzupełnień: tradycyjny zaciąg towarzyski dla jazdy, dobrowolny werbunek dla piechoty i artylerii. Sejm znacznie zacieśnił przepis werbunkowy z 1775, ograniczając go do miast i dóbr królewskich i duchownych w województwie i powiecie, w którym regiment konsystował. Zawężono też kategorię ludzi podległych werbunkowi. Obejmowała ona wyłącznie „ludzi luźnych”, pozostających bez pracy i stałego miejsca zamieszkania. Mimo wzrastających trudności werbunkowych w ciągu 1789 zdołano doprowadzić stan liczebny obu armii do ok. 46 000 ludzi. Dalszy werbunek nie dawał rezultatów. Sejm zmuszony był wprowadzić pobór rekruta kantonowego, wzorowany na poborze pruskim (wyprawy dymowe).