W latach 80. XX wieku, podczas procesu odzyskiwania niepodległości, był niekiedy traktowany jako narodowy, estoński Kościół. Przykładowo transmisje nabożeństw bożonarodzeniowych w telewizji publicznej odbywały się z kościołów ewangelickich. Współpraca między poszczególnymi estońskimi denominacjami układała się jednak pomyślnie, a Kościół luterański nie dążył do pozyskania większej uwagi kosztem innych wyznańLutheranism, estonica.org.
W 2010 r. doszło do połączenia Estońskiego Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego z Estońskim Kościołem Ewangelicko-Luterańskim Za Granicą. Zbory będące dotychczas częścią kościoła poza granicami, znajdujące się Stanach Zjednoczonych, Kanadzie, Szwecji, Niemczech, Australii, Argentynie i Wielkiej Brytanii, utworzyły diecezję estońską za granicą. Siedziba biskupa diecezji znajduje się w Toronto (Kanada)World Council of Churches – Estonian Evangelical Lutheran Church.