Współczesność Estoński Kościół Ewangelicko-Luterański zrzesza 167 zborów, należy do niego około 11% populacji kraju. Władzę nad nim sprawuje Konsystorz złożony z arcybiskupa, biskupów, kanclerza i asesorów. Najwyższą władzą legislacyjną pozostaje Synod. Kościół posiada ponad 220 osób duchownych, w tym 40 kobiet. Prowadzi również parafie i stacje kaznodziejskie poza granicami kraju, tworzą one Estońską Diecezję Za GranicąThe Estonian Evangelical Lutheran Church – Our Church.
Różnorodny zakres pracy kościoła jest realizowany przez Departament Pracy Diakonijnej podległy Konsystorzowi, Stowarzyszenie Pracy z Dziećmi i Młodzieżą, Centrum Misyjne i Kościelne Towarzystwo Muzyczne. Poradnie rodzinne działają w Tallinnie i Tartu. Prowadzony jest również Szpital Diakonijny w Tallinnie oraz praca duszpasterska wśród żołnierzy, policjantów i więźniów. Wydawany jest tygodnik Eesti Kirik.
Kościół prowadzi własną instytucję edukacyjną w postaci Instytutu Teologicznego, otwartego w 1946 r. Instytut zajmuje się różnorodnymi formami kształcenia duchowieństwa oraz innych pracowników kościelnych, w tym muzyków, a także osób świeckich.