Po niemieckim ultimatum wobec Litwy i przyłączeniu Okręgu Kłajpedy do III Rzeszy 22 marca 1939 r., większość członków miejscowych zborów przyjęła powrót do Niemiec z zadowoleniem. Ewangelicki Kościół Unii Staropruskiej wysyłał telegramy do poszczególnych parafii, dziękując im za utrzymywanie związku z pruskim kościołem w poprzednich latach i sugerując, że związek ten potwierdził ich niemiecką postawę. 1 maja 1939 r. zniesiono Regionalną Federację Synodalną Terytorium Kłajpedy, a jej parafie ponownie włączono do Prowincji Kościelnej Prus Wschodnich.
Podczas II wojny światowej zarówno władze nazistowskie, jak i radzieckie, prowadziły na terenie Litwy czystki etniczne oraz ludobójstwa, wielu duchownych poniosło śmierć. Tereny Litwy Mniejszej z Kłajpedą zostały następnie przyłączone do Litwy, która weszła w skład ZSRR. W Związku Radzieckim prowadzono prześladowania luteran, co odbiło się na stanie kościoła.