Pierwsze parafie w rejonie Kłajpedy były po wojnie uruchamiane przez osoby świeckie z racji braku duchownych. Część księży zginęła podczas wojny, resztę przesiedlono na zachód. Pierwsze zarejestrowane nabożeństwo powojenne odbyło się 9 stycznia 1945 r. w Prekule. Z czasem powstało 27 parafii luterańskich na terenie Litewskiej Socjalistycznej Republik Radzieckiej, z czego 12 zlokalizowanych było w regionie KłajpedyLietuvos evangelikų liuteronų bažnyčia – Die Kirche in Klein-Litauen..
W 1991 Litwa odzyskała niepodległość, a ewangelicy uzyskali swobodę wyznawania swojej wiary. W 2000 r. Ewangelicko-Luterański Kościół Litwy zadeklarował pełną wspólnotę z Kościołem Luterańskim Synodu Missouri.
Wiara Ewangelicko-Luterański Kościół Litwy określa się jako członek Ciała Chrystusa, a jego misją jest głoszenie ewangelii oraz sprawowanie sakramentów.