Kościół uznaje, że Biblia jest natchnionym słowem Bożym oraz ustala ona normy doktryny i życia chrześcijańskiego. Przyjmuje Apostolski symbol wiary, Nicejsko-konstantynopolitańskie wyznanie wiary i Atanazjańskie wyznanie wiary jako doktrynalnie poprawne streszczenie nauki zawartej w Biblii. Nauczanie kościoła i jego wiara są regulowane przez Księgę zgody, pisma w niej zawarte są uważane za dokładne i stosowne podsumowanie nauk słowa Bożego. Metody interpretacji Biblii, które są sprzeczne z tą doktrynalną pozycją, są odrzucaneEvangelical Lutheran Church in Lithuania – Confession of faith..
Organizacja i stosunki z państwem Kościół ewangelicki jest niezależnym związkiem wyznaniowym, wolnym od rządowej kontroli i regulacji w zakresie nauczania, wyznania i sprawowania kultu religijnego. Jest zarejestrowany i w pełni uznany za historyczny kościół chrześcijański posiadający pełnię praw w Republice Litewskiej.
Jest on kościołem o ustroju episkopalno-synodalnym. Synod, reprezentujący wszystkie parafie oraz duchowieństwo, zwoływany jest raz na pięć lat.