Reformy doktrynalne wewnątrz kościoła nastąpiły po objęciu kierownictwa przez Mikaela Agricolę, który studiował na uniwersytecie w Wittenberdze. Przetłumaczył Nowy Testament i dużą część Starego Testamentu na język fiński, ponadto napisał wiele tekstów liturgicznych w duchu reformacyjnym, jednak pozostawił wiele cech katolickich, takich jak obchody świąt takich jak Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny, Podwyższenia Krzyża Świętego, czy stosowanie mitry. Nawet obrazy i figury katolickich świętych pozostawiono w kościołach, lecz nie były już one czczoneJukka Paarma: Seurakunnallista elämää Maskun Hemmingin aikana. Agricola był pierwszym biskupem Turku, który był żonaty.
Ostatecznie reformacja Kościoła Szwecji została zakończona w drugiej połowie XVI wieku. Kolejne lata uznawane są za czas luterańskiej ortodoksji. Członkostwo w kościele było obowiązkowe, tak samo jak cotygodniowe uczestnictwo w nabożeństwach. Brak przynależności do kościoła państwowego karany był śmiercią, a nieuczęszczanie na nabożeństwa – grzywną. W Karelii prześladowana była ludność prawosławna, która w dużym stopniu emigrowała do Rosji. Rozpoczęto również edukację wiernych. Każdy członek kościoła był zobowiązany znać podstawy dogmatów wiary chrześcijańskiej. Aby do tego doprowadzić, rozpoczęto edukację dzieci w czytaniu oraz religii.