W latach 1997-1998 reprezentował ekipę Fausto Gresiniego, również korzystającego z motocykli japońskiego producenta. W pierwszym z nich raz zameldował się na podium, zajmując trzecią pozycję w GP Wielkiej Brytanii. W drugim dwukrotnie zajął najniższy stopień, podczas zmagań na torze w Czechach i Argentynie. Współpraca z włoską ekipą zaowocowała odpowiednio 9. i 5. miejscem na koniec sezonu.
W roku 1999 Brazylijczyk rozpoczął współpracę z hiszpańską stajnią Pons-Honda. Ponownie tylko w jednym wyścigu znalazł się w pierwszej trójce, będąc sklasyfikowanym na drugiej pozycji w wyścigu o GP Imoli we Włoszech. W tej samej rundzie Barros po raz pierwszy w karierze uzyskał również najszybsze okrążenie. Zdobyte punkty pozwoliły mu zająć w klasyfikacji 9. lokatę. W tym samym sezonie Barros wraz z Japończykiem Tadayukim Okadą zwyciężył w 8-godzinnym wyścigu na torze Suzuka.
W drugim roku startów w tej ekipie Barros dwukrotnie zwyciężył (w GP Holandii i Niemiec) oraz trzykrotnie sięgał po pole position (po raz pierwszy w GP Włoch). Startując z pierwszej pozycji, tylko w jednym wyścigu udało mu się dojechać do mety (zajął odległe czternaste miejsce). Na podium znalazł się jeszcze podczas GP Brazylii, w którym dojechał na drugiej pozycji. Udany sezon zakończył na 4.