Po przebytej chorobie w 1582 Małgorzata wróciła do brata we Francji, ale Henryk III oburzony jej prowadzeniem się i nieobyczajnym życiem zmusił ją do opuszczenia swojego pałacu.

Niemoralna królowa Po długich negocjacjach wróciła do Nawarry i spotkała się tam z bardzo chłodnym przyjęciem. W tym czasie stanęła także na czele spisku mającego na celu przejęcie jednej ze swoich posiadłości, które otrzymała w posagu, a mianowicie Agen. Po kilku miesiącach umacniania miasta i wznoszenia fortyfikacji obywatele Agen zbuntowali się przeciw Małgorzacie i zmusili ją do ucieczki na zamek w Carlat. W 1586 Henryk III uwięził Margot w Usson w Owernii, gdzie spędziła 18 lat. W 1592 rozpoczęły się rozmowy na temat unieważnienia jej małżeństwa z Henrykiem Burbonem. Trwały one 7 lat, ale zakończyły się sukcesem dla Małgorzaty – mimo ustania małżeństwa nadal miała prawo do tytułu królewskiego.

W tym czasie Margot spisała swoje wspomnienia, które zostały opublikowane w 1628 roku kilkanaście lat po jej śmierci. Zarówno piękna, jak i inteligentna Małgorzata miała wielu kochanków;