Od 1 października 2019 na Uniwersytecie Ekonomicznym w Krakowie działają następujące kolegia i instytuty: Kolegium Ekonomii, Finansów i Prawa: Instytut Ekonomii, Instytut Finansów, Instytut Metod Ilościowych w Naukach Społecznych, Instytut Prawa, Kolegium Gospodarki i Administracji Publicznej: Instytut Polityk Publicznych i Administracji, Instytut Gospodarki Przestrzennej i Studiów Miejskich, Instytut Politologii, Socjologii i Filozofii, Kolegium Nauk o Zarządzaniu i Jakości: Instytut Zarządzania, Instytut Informatyki, Rachunkowości i Controllingu, Instytut Nauk o Jakości i Zarządzania Produktem.
Jednostki ogólnouczelniane i międzywydziałowe mały|Biblioteka Główna Uniwersytetu Ekonomicznego thumb|Wejście do hali AZS Uniwersytetu Ekonomicznego Na uczelni działają również liczne jednostki międzywydziałowe i pozawydziałowe, między innymi: Krakowska Szkoła Biznesu Małopolska Szkoła Administracji Publicznej Akademickie Centrum Kariery UEK Biuro ds.