7 października „Sokół” zatopił na Adriatyku niemiecki transportowiec wojska „Eridania” (7094 BRT), największy statek zniszczony podczas wojny przez okręty Polskiej Marynarki Wojennej. Po powrocie do Wielkiej Brytanii w końcu marca 1944 roku i kolejnym remoncie, Jerzy Koziołkowski dowodził okrętem podczas patroli u brzegów Norwegii.
31 maja 1944 roku został awansowany na komandora podporucznika ze starszeństwem z dniem 3 maja 1944 roku i 4. lokatą w korpusie oficerów Marynarki Wojennej, korpus oficerów morskich. 12 grudnia 1944 roku został zastąpiony przez kapitana Tadeusza Bernasa, przechodząc na stanowisko zastępcy komendanta Centrum Wyszkolenia Specjalistów Floty.
Od kwietnia 1946 roku był w Kierownictwie Marynarki Wojennej, w 1947 roku w Polskim Korpusie Przysposobienia i Rozmieszczenia. W 1946 roku był współzałożycielem i pierwszym sekretarzem zarządu Stowarzyszenia Marynarki Wojennej. Po demobilizacji (w stopniu komandora porucznika) pozostał na Zachodzie, prowadził biuro prawno-handlowe w Wielkiej Brytanii.