Po krótkim pobycie w obozie internowanych, przedostał się samolotem do Szwecji, zaś stamtąd przez Norwegię do Aberdeen, gdzie dotarł 31 grudnia 1939 roku. Od 15 stycznia 1940 roku służył na okręcie podwodnym „Wilk”, 3 maja został awansowany do stopnia kapitana marynarki. We wrześniu 1941 roku wszedł w skład formowanej załogi „Sokół”, po odejściu kapitana Bolesława Romanowskiego jako zastępca dowódcy okrętu, w marcu następnego roku podczas jednego patrolu bojowego pełnił obowiązki dowódcy podczas urlopu Borysa Karnickiego. thumb|Nagrobek Jerzego Koziołkowskiego w Tarnowie Po zakończeniu pierwszej kampanii śródziemnomorskiej, „Sokół” powrócił do Wielkiej Brytanii na remont. 18 sierpnia 1942 roku Jerzy Koziołkowski został mianowany dowódcą okrętu i poprowadził go podczas drugiej kampanii na Morzu Śródziemnym, w latach 1943–1944. Operował w składzie 10. Flotylli Okrętów Podwodnych z Malty oraz 1. Flotylli Okrętów Podwodnych z Bejrutu. Wziął udział między innymi w działaniach blokadowych portów włoskich podczas desantu na Sycylię a 12 września 1943 roku wpłynął do portu w Brindisi jako pierwsza aliancka jednostka, odbierając kapitulację miejscowych władz.