W więzieniach prowadził potajemną działalność duszpasterską: spowiadał, służył molebny i panichidy, chrzcił. W łagrze chorował na malarię. Po odbyciu kary wrócił do Suchumi, lecz z powodu odmowy uzyskania meldunku musiał przenieść się do Tbilisi.
Służba w Gruzińskim Kościele Prawosławnym mały|200px|Cerkiew św. Aleksandra Newskiego w Tbilisi. Zenobi (Mażuga) był jej proboszczem od 1950 do swojej śmierci w 1985 W 1942 hieromnich Zenobi udał się na leczenie do jednego z miast Gruzińskiej SRR, gdzie przypadkowo spotkał się z patriarchą gruzińskim Kalistratem. Wyznaczył on go do służby w katedrze Sioni w Tbilisi; duchowny służył w niej dwa lata, otrzymując w 1943 krzyż napierśny jako nagrodę za dotychczasową pracę dla Kościoła. Następnie przez rok żył w monasterze św. Olgi w Mcchecie. Jako delegat Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego wziął udział w Soborze Lokalnym Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w 1945. W czasie jego trwania otrzymał godność igumena. Po powrocie do Gruzji został proboszczem parafii w Kirowie (rejon stepanawski), zaś od 1947 kierował parafią Świętego Ducha w Batumi.