W 1998 roku Pauleta odszedł do zespołu Deportivo La Coruña, również grającego w Primera División. W sezonie 1999/2000 zdobył wraz z nim mistrzostwo Hiszpanii. W 2000 roku przeszedł do francuskiego Girondins Bordeaux, odrzucając oferty z Aston Villi, Sunderlandu czy Newcastle. W lidze francuskiej zadebiutował 6 września 2000 w wygranym 5:0 meczu z FC Nantes, w którym zdobył trzy bramki. Sezon 2000/01 skończył z 26 bramkami, najwięcej w Girondins. W sezonie 2001/2002 razem z Djibrilem Cissé został królem strzelców ligi francuskiej (22 gole). Z Bordeaux wygrał też rozgrywki Pucharu Ligi Francuskiej. Jako zawodnik Bordeaux, Pauleta dwukrotnie został uznany zawodnikiem roku Ligue 1 (2002, 2003).
W 2003 roku Pauleta został zawodnikiem Paris Saint-Germain. Z zespołem tym dwukrotnie zdobył Puchar Francji (2004, 2006), a także raz Puchar Ligi Francuskiej (2008). W barwach PSG dwukrotnie został również królem strzelców ligi francuskiej – w sezonach 2005/2006 (21 goli) oraz 2006/2007 (15 goli).
17 maja 2008 roku ogłosił zakończenie kariery piłkarskiej, z możliwym wyjątkiem, jeśli dostałby ofertę z FC Porto, SL Benfica lub Sporting CP, tak się jednak nie stało.