Misja pierwszej delegacji PNKK skończyła się w marcu 1921. Dalszą działalność misyjną miał prowadzić ks. dr Antoni Paszek z Zabierzowa, którego przyjął do Kościoła narodowego – w 1920 – bp Franciszek Hodur. Zalecono mu wystąpienie do Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z wnioskiem o legalizację Kościoła, gdyż podstawową trudność stanowił brak podstaw prawnych do legalnego funkcjonowania. Kolejne wnioski o legalizację wspólnoty były jednak odrzucane i do II wojny światowej nie przyniosły żadnego pozytywnego skutku. W 1922 do Krakowa przybył bp elekt Franciszek Bończak – to on miał teraz administrować całą wspólnotą misyjną. Dla propagowania ideologii Kościoła założył w 1923 organ prasowy pt. „Polska Odrodzona”. Zorganizował też Wyższe Seminarium Duchowne w Krakowie, które miało zapewnić Kościołowi nowych duszpasterzy. Udało się także zorganizować w budynku przy ul. Łagiewnickiej 54, zakupionym za pieniądze funduszu misyjnego PNKK parafię Zmartwychwstania Pańskiego, która będzie od tego momentu (do 1951) pełniła formę parafii katedralnej diecezji polskiej PNKKT. Majewski, Biskup Hodur i Jego Dzieło, Warszawa 1987, s. 147-167..