Parafia polskokatolicka Wniebowstąpienia Pańskiego w Krakowie swoją genezą sięga 1927, gdy przy ul. Friedleina 8 swoją kaplicę założył ks. dr Antoni Ptaszek. Był to pierwszy kapłan, który po wystąpieniu z Kościoła rzymskokatolickiego nawiązał współpracę z Polskim Narodowym Kościołem Katolickim (PNKK). Wydalony później z PNKK założył „Stowarzyszenie Gminy Starokatolickiej w Krakowie”, która liczyła nawet 4000 wiernych. Po śmierci ks. Ptaszka w 1951 jego gmina wyznaniowa połączyła się z Kościołem Polskokatolickim.
Prawne włączenie parafii do struktury Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego nastąpiło dopiero w 1959, jej pierwszym polskokatolickim proboszczem został ks. Zygmunt Pinkowski, przez kilka lat duszpasterzowali tutaj ks. Tadeusz Majewski i ks. Benedykt SękE. Elerowski, Parafie Polskiego Narodowego Katolickiego Kościoła w Polsce na tle historii, Warszawa 2001, s. 111.. W latach 60. XX w. udało się jeszcze zorganizować parafię Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny (początkowo przy ul. Mikołaja Kopernika 13, później przy ul. Bosackiej, obecnie przy ul. Macieja Miechowity 19) oraz kaplicę w Nowej Hucie.