29 marca 2005 Rada Synodalna Kościoła powierzyła bp Jerzemu Szotmillerowi pełnienie obowiązku kierowania diecezją krakowsko-częstochowską. W tym samym czasie zlikwidowano parafię Zmartwychwstania Pańskiego w Krakowie, a budynek kościelny sprzedano.
Wszystkie miejsca związane z Kościołem Polskokatolickim w Krakowie MiejsceAdresStatusUwagiParafia Wniebowstąpienia Pańskiego w Krakowieul. Józefa Friedleina 8, 30-416 KrakówistniejeProboszcz parafii: ks. Bartosz NormanParafia Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Krakowieul. Macieja Miechowity 19, 31-475 Kraków istniejeProboszcz parafii: ks. dziek. mgr Piotr WłasinowiczParafia Zmartwychwstania Pańskiego w Krakowieul. Łagiewnicka 54, 30-417 Krakównie istniejeZniesiona w 2005, świątynia przeznaczona na cele gospodarcze.Kaplica w Nowej HucieKraków-Nowa Hutanie istniejeFiliał parafii Wniebowstąpienia Pańskiego w Krakowie (ks. Roman Krause), likwidacja w latach 60. XX w.Kuria Biskupia Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiegoul.