Jednak dalszym zmianom zapobiegli Francuzi, którzy ogłosili, że obowiązująca jest wyłącznie pierwotna wersja projektu Ochsa i zabronione jest dokonywanie w nim jakichkolwiek zmian. Nowej ustawy zasadniczej nie przyjęły kantony: Appenzell Innerrhoden, Glarus, Nidwalden, Schwyz, Uri tudzież Zug. Sama Republika Helwecka istniała krótko, jedynie w latach 1798–1803. Została ona zastąpiona przez luźny związek 19 kantonów zależny od Francji do 1813.
W grudniu 1797 doszło w Paryżu do spotkania Ochsa i de La Harpe’a z Bonapartem. Rewolucjoniści zostali poinformowani o planowanej inwazji francuskiej na Szwajcarię, zaś ich zadaniem było przygotowanie w kraju powstania. Zdawali sobie sprawę, że pomoc Republiki Francuskiej jest im niezbędna w dokonaniu w kraju radykalnych zmian, ponieważ sami nie mieli ku temu ani środków ani możliwości. Kiedy w 1798 francuskie wojska na rozkaz dyrektoriatu wkroczyły do Szwajcarii, Ochs przyjął to z entuzjazmem, gdyż widział w tym szanse na zjednoczenie i unowocześnienie kraju. Po udanej inwazji Ochs został pierwszym przewodniczącym Senatu Republiki Helweckiej, a później otrzymał stanowisko przewodniczącego dyrektoriatu. Jednak jego pozycja polityczna zaczęła słabnąć. 25 czerwca 1799 został odsunięty od władzy na rzecz stronnictwa Frédérica Césara de La Harpe'a.