6 maja 1862 r. otwarta została szkoła pszczelarska z inicjatywy Feliksa FlorkiewiczaCzas 1862 nr 110. W roku 1896 miasto straciło prawa miejskie, a odzyskało już w 1903, gdy władze austriackie zapisały Alwernię w rejestrze miast.
W 1899 r. uruchomiono linie kolejową z Trzebini do Wadowic, którą zamknięto w 2002. Po I wojnie światowej Alwernia została uznana za miejscowość uzdrowiskową. W roku 1933 miejscowość po raz kolejny utraciła prawa miejskiej. W 1941 r. Niemcy wysiedlili bernardynów z klasztoru, urządzając w nim więzienie i Feldgericht (sąd wojenny). Zakonnicy wrócili dopiero po II wojnie światowej. 28 kwietnia 1943 w klasztorze ukrywał się Witold PileckiRaport Witolda Pileckiego. Nocą 3 na 4 listopada 1944 roku grupa dywersyjna z oddziału Armii Ludowej im. Ludwika Waryńskiego dokonała akcji zbrojnej w Zakładach Chemicznych „Alwernia”Rada Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa „Przewodnik po upamiętnionych miejscach walk i męczeństwa lata wojny 1939–1945”, Sport i Turystyka 1988, , s. 373..