Na przełomie lat 1923/1924 uruchomiono w Alwerni prywatną fabrykę chemiczną. Po II wojnie światowej fabryka przejęta została przez Skarb Państwa. Ostateczne brzmienie nazwy pochodzi z 1978 r.: Zakłady Chemiczne „Alwernia”, a po restrukturyzacji i inwestycjach w linię produkcyjną zakład został skreślony z listy największych trucicieli w Polsce. W latach 1975–1998 miasto administracyjnie należało do województwa krakowskiego.
Pod koniec lat 70. XX w. powstało w Alwerni osiedle bloków mieszkaniowych – os. Chemików, początkowo dla pracowników owych zakładów. Po raz kolejny prawa miejskie Alwernia dostała w roku 1993 r.
W 2004 r. w mieście kręcone były zdjęcia do filmu Alwernia w reżyserii Konrada Szołajskiego. Inspiracją do nakręcenia dokumentu stała się twórczość teatralna Andrzeja Grabowskiego i Mikołaja Grabowskiego.
W nocy z 6 na 7 marca 2011 r. w zespole klasztornym oo. Bernardynów wybuchł pożar, który całkowicie strawił dach nad domem mieszkalnym zakonników i w znacznej części nad kościołem. Spłonęła mniejsza wieża.