W okresie kiedy król prowadził politykę przyjazną Habsburgom, Zamoyski stanął na czele opozycji. Sprawiła ona, że na sejmie 1592 król musiał tłumaczyć się i zaprzeczał stanowczo rokowaniom z Habsburgami. Objęcie przez Zygmunta III w 1592 tronu w Szwecji i jego wysiłki utrzymania korony przyczyniły się do pogodzenie kanclerza z monarchą. Zamysły królewskie wzmocnienia swej władzy w Polsce w latach 1605–1606 spotkały się z silnym oporem części magnatów i szlachty. Doszło do rokoszu Zebrzydowskiego. Ostatecznie Zygmunt III wyrzekł się swych reformatorskich planów.

Rozpoczęcie przez króla wojny z Rosją w 1609 za zgodą senatu, ale bez uchwały sejmu, wywołało pewne sprzeciwy. Nie doprowadziły one jednak do ostrzejszych zatargów.

Druga połowa rządów Zygmunta III, jak i większa część panowania jego syna Władysława IV przebiegała bez większych zatargów monarchy ze szlachtą. Dopiero plany Władysława IV podjęcia wojny zaczepnej przeciw Turcji (1646-1648) spowodowały wytworzenie się silnej opozycji.