Sezon 1986 rozpoczął od zwycięstwa w inauguracyjnym GP Hiszpanii, dzięki czemu został pierwszym liderem klasyfikacji. Australijczyk stawał na podium jeszcze w siedmiu wyścigach. Drugą wygraną odniósł na holenderskim torze w Assen, natomiast podczas GP Wielkiej Brytanii po raz pierwszy sięgnął po tzw. hattricka (pole position, zwycięstwo, najszybsze okrążenie). Ostatecznie musiał uznać wyższość jedynie Amerykanina Eddie Lawsona, zostając wicemistrzem świata.
Rok 1987 był sezonem, w którym to Wayne nadawał ton rywalizacji, zostając pierwszym australijskim mistrzem świata. W trakcie zmagań aż dwunastokrotnie znalazł się w pierwszej trójce, z czego aż siedmiokrotnie na najwyższym stopniu. Poza tym dziesięciokrotnie startował również z pole position, natomiast w dziewięciu wyścigach uzyskał najszybszy czas okrążenia. W klasyfikacji uzyskał ponad dwieście punktów.
W sezonie 1988 po raz trzeci w karierze walczył o tytuł mistrzowski. Po raz drugi musiał jednak zadowolić drugim miejsce, ustępując pola Lawsonowi. Był to jednak udany sezon, w którym dziewięciokrotnie znalazł się na podium, czterokrotnie przy tym na pierwszym miejscu.